时空显微镜Go Optical开放预定！超清、超快、超大扫描范围，时空组学理想拍档
发布时间：2024-07-04 09:36:39
7月3日，华大智造联合时空组学STOmics推出首款显微成像产品——时空显微镜Go Optical，即日起开放预定。
该产品能够充分满足时空组学技术各个实验流程中的显微成像需求，可作为时空组学技术Stereo-seq的理想拍档。
时空组学技术（Stereo-seq），是具有“纳米级分辨率”和“厘米级全景视场”的原位捕获空间全转录组测序技术，作为空间转录组学（spatial transcriptomics, ST）技术的一种，可将细胞的转录组数据与其在生物组织中的空间位置相结合，实现全转录组空间表达图谱的构建, 促进对细胞间相互作用、肿瘤异质性的进一步理解，在癌症和胚胎发育研究中显示出巨大潜力。然而，时空组学技术高分辨率空间分析的实现，依赖于先进的光学成像技术和强大的数据处理能力1,2。
针对此痛点，时空显微镜Go Optical应运而生。时空显微镜Go Optical是一款集光学、机械、电子、计算机等多学科技术为一体的荧光正置显微镜，整合了落射明场、透射明场及落射荧光等多种观察方式，配备FITC、TRITC、DAPI和CY5等荧光通道。
图1. 时空显微镜Go Optical性能一览
Go Optical搭载专属扫片软件Scanner，操作界面简洁，可灵活配置相机，物镜，光源及滤光片，输出的图像及数据格式适配时空组学生信分析软件。
图2. Go Optical专属扫片软件Scanner
同时，还有专属看图软件Tiff Browser，专为处理生物和病理切片超大尺寸图像研制，满足对大尺寸切片图像的快速读取、标记和管理，具备画面缩放调整，及亮度对比度等调节功能。
图3. Go Optical专属看图软件Tiff Browser
时空显微镜Go Optical可用于组织最佳透化时间的摸索（图4），并可通过高清成像结合Stereo-seq技术的先进算法，实现基因表达图谱与组织染色图像的精确配准（图4-6），为进行高分辨率的空间组学分析提供强有力的支撑。
在时空转录组实验流程中，组织切片被贴附于时空捕获芯片后，进行细胞核染色或苏木精—伊红染色( hematoxylin-eosin staining，简称H&E染色)，随后利用Go Optical对染色后的组织切片以及芯片上的网格线（Track线）同时进行显微成像，并完成图像拼接；接下来，切片中的RNA被时空芯片中的探针原位捕获，并通过建库、测序和分析，利用空间条形码(Coordinate ID, CID)将这些RNA分子准确还原回其原始的空间位置形成详尽的基因表达图谱；最后，通过识别的Track线将基因表达图谱与组织染色图像进行精确配准（图6）。
图4. 新鲜冰冻（Fresh Frozen, FF）样本的时空转录组实验流程
图5. 福尔马林固定的石蜡包埋（Formalin-Fixed Paraffin Embedded，FFPE)样本的时空转录组实验流程
Go Optical兼备落射与透射明场成像能力，最高可实现1200万像素高分辨率成像，精准识别Track线和组织细节，可实现组织乃至单细胞分割，更能契合Stereo-seq技术的高分辨率空间数据。
图7. 利用时空显微镜10×物镜下拍摄的核染色图及H&E染色图，经Track线识别配准后可根据图像中的组织轮廓进行数据的组织分割。*H&E染色图，来自哈尔滨医科大学附属肿瘤医院-许守平课题组提供的FFPE样本。图8. 利用时空显微镜10×物镜下拍摄的高清核染色图经过CellBin算法分析可对图像及数据进行单细胞分割。
Go Optical行程范围大，拥有100 mm×70 mm的超大扫描范围，这一特性使其能够轻松应对大尺寸芯片的扫描任务（图9），实现精细拍摄。针对时空捕获芯片的不透光特性，Go Optical特别设计了自动检焦功能。该功能利用检焦模块捕捉光反射信号，智能判断焦距，仅需一次人工对焦，即可自动完成智能调焦与全片扫描，将拍照流程化繁为简。在10×物镜下，对1cm×1cm常见规格芯片进行扫描拍照，全程仅需70秒，拍照时长短，可有效保证样本RNA的完整性。时空组学照亮浩瀚生命，工具创新助力新质未来。日前，华大智造正式成为时空组学的全球经销商。华大智造与时空组学STOmics联合推出的Go Optical时空显微镜，可完美适配当前双方携手提供的建库、测序和生物信息学分析产品，为用户形成一站式的时空组学工具包。秉持着“创新智造引领生命科技”的理念，华大智造将持续开发通用且功能强大的工具，携手生态合作伙伴，共同助力广大科研工作者进行更广、更深层次的组学探索，在生长发育、生命演化、器官结构、疾病机制等研究领域取得创新突破，加速生命科学行业发展。1. Pour M, Yanai I. New adventures in spatial transcriptomics[J]. Developmental Cell, 2022, 57(10): 1209-1210.2．Zhang L, Chen D, Song D, et al. Clinical and translational values of spatial transcriptomics[J]. Signal Transduction and Targeted Therapy, 2022, 7(1): 111.转自：华大智造MGI 微信公众号
